Para evidenciar coherencia con los postulados de la misión, visión y valores que plantea la institución, se construye el Proyecto Educativo de la Universidad San Marcos bajo la premisa de repensar y reconfigurar los horizontes institucionales, con la pretensión de explicitar las razones a las que responde la formalización de este proyecto. 

Como resultado de los desafíos que enfrenta la educación universitaria costarricense, La Universidad San Marcos plantea su orientación institucional con una propuesta formativa guiada por los siguientes principios, los cuales caracterizan y enmarcan el desarrollo de su proyecto educativo: 

• Establece mecanismos que propicien que los esfuerzos institucionales sean orientados al sello transformador, la misión, visión y valores que permiten la flexibilidad, la innovación, el dinamismo, la eficacia, el trabajo en equipo, la adaptación al cambio, la objetividad, la disrupción y el sentido de futuro para toda la comunidad universitaria. 
   
• Promueve un equipo Docente protagonista en el proceso de formación de agentes de cambio, como principal aliado de la institución impulsando el desarrollo integral de la comunidad universitaria de la Universidad San Marcos, y construyendo un espacio a partir de sus experiencias y conocimientos. 
   
• Brinda una educación orientada por el humanismo digital, una educación de vanguardia y con el complemento tecnológico y virtual, manteniendo siempre un carácter humanizado y entendiendo a la persona estudiante como ser humano integral.
   
• Propicia el aprendizaje con accesibilidad, calidad, pertinencia, significativo, colaborativo y práctico mediante un proceso de formación de impacto con un alto componente de aplicación de conocimientos y flexibilidad curricular.
   
• Fomenta el desarrollo de la multiculturalidad, el pensamiento global, la fraternidad, la responsabilidad, el trabajo en equipo, la empatía y la comunicación efectiva y respetuosa.
   
• Enmarca y respalda el desarrollo de todo proyecto educativo con la adaptación al cambio, la objetividad, la disrupción y el sentido de futuro propiciando una formación integral.
   
• Propicia el liderazgo colectivo en nuevos proyectos relacionados con actividades propias de la institución donde se involucre la comunidad, como proyectos de acción social, actividades extracurriculares y apoyos académicos.
   
• Asigna roles al equipo administrativo para trabajar en conjunto enfocados en el crecimiento de la institución y su transformación a través de nuevos retos en pro de fomentar en los estudiantes su desarrollo profesional con conocimientos y principios, permitiendo su posicionamiento y el de la institución gracias a su sello diferenciador.
   
• Propicia el crecimiento y el desarrollo económico del país mediante la oferta de planes de estudios que consideren las tendencias regionales y mundiales de formación de profesionales.
   
• Concibe la ética y la transparencia en el proceso de enseñanza-aprendizaje como eje central involucrando a toda la comunidad universitaria.